Le microbiote intestinal

Vivre en harmonie avec nos microbes

Les lecteurs de notre magazine connaissent bien l’importance du microbiote intestinal sur notre santé, nos humeurs et nos comportements.
Une exposition à la Cité des Sciences, à Paris jusqu’au 4 août, s’inspire du best-seller de Giulia Enders, "
Le charme discret de l’intestin* "en célébrant cette découverte révolutionnaire. 

Sans doute pourrait-on parler de révolution du microbiote comme nous parlons de révolution copernicienne, quand Copernic et Galilée renversaient la représentation du monde occidental en vérifiant l’hypothèse que la terre tournait autour du soleil. Il en est de même avec les microbes (terme générique pour désigner les micro-organismes), longtemps ciblés comme des ennemis à abattre. Seraient-ils finalement les meilleurs compagnons de l’humain ?

La première bactérie fut observée au microscope au XVIIe siècle. Mais les travaux de Pasteur, dans la deuxième moitié du XIXe siècle, ont démontré le rôle des micro-organismes comme agents infectieux avec pour conséquences l’identification de nombreuses maladies, la prise en compte de l’hygiène, la découverte des antibiotiques, mais aussi la diabolisation pathogène des bactéries. Entre-temps, d’autres découvertes avaient permis de mettre en évidence les effets positifs des bactéries probiotiques à l’origine de la fermentation naturelle comme les yaourts et la choucroute. Élie Metchnikoff, prix Nobel de médecine en 1908, est ainsi le premier à avoir pensé à injecter des bactéries saines dans nos intestins afin de renforcer notre système immunitaire.

Ce patrimoine génétique insoupçonné

Grâce au développement de la bactériologie, et face à l’apparition des bactéries super résistantes, la science a cherché à mieux connaître ces micro-organismes en perfectionnant les méthodes de culture et d’observation en laboratoire. Avec la miniaturisation et les statistiques, les outils se perfectionnent et aujourd’hui, en examinant les selles, on est capable de mettre en évidence les résidus génétiques de milliards de bactéries.

Les bactéries sont beaucoup plus petites que les cellules humaines, mais elles sont aussi dix fois plus nombreuses. Les notions de microbiote et de microbiome rendent mieux compte de la symbiose et de la communication permanente de nos cellules avec ces microbes, en désignant l’ensemble de ces micro-organismes, le milieu où ils vivent mais aussi la somme réunie de leurs gènes qui s’exprime dans notre organisme. Chaque bactérie compte en général quelques milliers de gènes. La métagénomique, qui consiste en l’analyse globale des gènes d’un être vivant, a établi que pour un humain de 23 000 gènes, le microbiote intestinal en concentre 500 000 millions.

Toutes ces recherches ont permis de reconsidérer le chiffre de 5000 espèces de bactéries connues comme totalement dérisoire, mais aussi de réaliser que 99 % des bactéries qui nous entourent sont inoffensives. Mieux, elles protègent le milieu dans lequel elles se sont installées, en occupant l’espace et en limitant ainsi la prolifération des « mauvais germes ». Les contours de cet univers immensément complexe à l’échelle de l’infiniment petit se dessinent encore.

L’intestin, un deuxième cerveau ?

Les bactéries sont partout en nous et autour de nous, mais on connaît surtout leur présence massive dans l’intestin… Il n’existe pas un stock défini de bactéries à peu près identiques chez tous les êtres humains comme on l’a longtemps cru. On supposait par exemple que la bactérie E. Coli était majoritaire dans l’intestin, alors qu'elle ne représenterait même pas 1 % de l’ensemble des organismes présents.

Les travaux visant à élaborer une carte des bactéries du corps humain n’ont commencé qu’en 2007. Cet « atlas bactériologique » a donné des résultats surprenants : dans notre corps, a priori, 99 % des bactéries habitent notre intestin avec plus d’un millier d’espèces différentes, mais on a aussi détecté la présence de bactéries à des endroits qu’on ne soupçonnait pas : les poumons, par exemple.
Aujourd’hui, plus de 60 % de ces bactéries nous sont inconnues. De quoi donner du travail aux chercheurs. Il est toutefois impossible de cultiver et donc d’observer le comportement de bactéries intestinales qui ne survivent pas en laboratoire hors de notre corps. C’est le principal obstacle et le mystère de ces micro-organismes qui interagissent avec nos systèmes immunitaire et nerveux. D’où l’idée d’un deuxième cerveau au niveau intestinal, bousculant le mythe hiérarchique d’un cerveau tout puissant aux commandes du corps.

Le microbiote intestinal est composé de 90 % de bactéries. Pour résumer, plus on descend dans le tube digestif, plus on trouve de bactéries. En effet, tout ce qui n’est pas digéré dans l’estomac est attaqué au fur et à mesure dans l’intestin et le gros intestin qui concentre la plus grande densité bactérienne. Ce microbiote intestinal héberge environ 100 billions de bactéries et pèse jusqu’à deux kilos selon les individus. Difficile, vu sous cet angle, de faire comme s’il n’existait pas. Les recherches révèlent au fur et à mesure tous les rôles joués par les bactéries sur notre organisme, que ce soit pour la production de vitamines, la prise de poids, le stress, la maladie de Parkinson, la dépression, les allergies et les intolérances, mais aussi l’entraînement et l’amélioration des performances du système immunitaire présent à hauteur de 80 % dans l’intestin.

Comme le dit poétiquement Giulia Enders : « Partir à la découverte des intestins, c’est comme explorer un nouveau continent, aborder une nouvelle planète et rencontrer ce petit peuple qui cohabite depuis les origines de l’évolution dans le corps humain ». Les connaissances de cette planète microbienne sont encore balbutiantes. D’autant que travailler avec les bactéries, c’est traiter avec du sur-mesure, une orfèvrerie de haute précision.

Du livre à l'exposition : une prise de conscience intestinale

« Bienvenue dans un monde où ce qui vous était étranger devient une partie de vous », annonce à l’entrée de l’exposition la grande bouche ouverte qui nous avale dans les bruits mystérieux d’une visite guidée et viscérale. Comment ça marche ? À quoi sert la salive ? Pourquoi vomit-on ? Comment évaluer les selles grâce à l’échelle de Bristol ? Quelle est la meilleure position sur le trône ? Quelles sont les différences entre une intolérance et une allergie ? Ici pas de tabou, on franchit les barrières du dégoût pour apprendre à connaître les bactéries qui nous habitent mais aussi à les aimer, pour les cultiver comme le jardinier son potager.

érance et une allergie ? Ici pas de tabou, on franchit les barrières du dégoût pour apprendre à connaître les bactéries qui nous habitent mais aussi à les aimer, pour les cultiver comme le jardinier son potager.

Parler sans honte et au plus grand nombre de ce qui finit dans la cuvette, c’était le pari gagné de Giulia Enders dans sa croisade pour réconcilier l’individu contemporain avec ses intestins. Le charme discret de l’intestin publié en 2015, dont une édition augmentée est parue en 2017, est à l’origine de cette exposition qui reprend également les illustrations et les graphismes de sa sœur, Jill Enders. Bien leur en a pris, car ce livre traduit en 40 langues et vendu à plus d’un million d’exemplaires a sans conteste contribué à vulgariser les vingt dernières années de recherches scientifiques autour du microbiote intestinal. Les métaphores fleurissent avec humour dans l’écriture de cette jeune étudiante en médecine, 24 ans à l’époque. Des explications sérieuses et une liberté de ton sur laquelle sa sœur vient rebondir avec ses graphismes doux. Tout est fait pour nous rendre le royaume des viscères amusant et séduisant. L’exposition a gardé cet esprit, révélant les chorégraphies du tube digestif ou imitant les villosités de l’intestin grêle en mousse rose guimauve. Le livre est plus complet car il ouvre davantage de pistes. L’exposition condense, souligne la nécessité de prendre conscience de changer d’attitude face aux bactéries dans notre corps et notre environnement. La scénographie use peut-être à l’overdose de la bactérie en Barbapapas mignonnettes, mais l’initiation scientifique est rigoureuse. La série d’expériences interactives et ludiques ainsi que le petit film d’animation émerveillent les enfants. Sans oublier toutes les astuces valables aussi pour les grands. Si vous êtes ou venez en visite à Paris, c’est un moment idéal à passer en famille pour mieux apprivoiser et apprendre à administrer son petit peuple intérieur.

Exposition jusqu’au au 4 août 2019
Cité des Sciences et de l'Industrie
30 Avenue Corentin Cariou, 75019 Paris
Ouvert du mardi au samedi de 10 h à 18 h
le dimanche de 10 h à 19 h. Fermé le lundi
Infos : www.cite-sciences.fr

Le charme discret de l’intestin
Tout sur un organe mal aimé
nouvelle édition augmentée
Giulia et Jill Enders
Éditions Actes Sud
350 pages
21,80 €

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